محسن خلیلی به عنوان مدیر تیم‌های پایه پرسپولیس، موفق به مدیریت حواشی این تیم شده است. با این حال، برخی افراد که خواهان حضور در پرسپولیس هستند، انتقادات تندی به او وارد می‌کنند.