در دولت مسعود پزشکیان، برخلاف پیش‌بینی‌ها، مسیر سقاب اصفهانی متوقف نشد. او ابتدا مأمور تشکیل سازمان بهینه‌سازی و مدیریت راهبردی انرژی شد و سپس به‌عنوان معاون رئیس‌جمهور و رئیس این سازمان منصوب گردید. بدین ترتیب، مدیری که تجربه‌اش در تحول و سیاست‌گذاری دولت است، در دولت چهاردهم نیز در سمت معاونت رئیس‌جمهوری باقی ماند.